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活性肽的生产方法很多，归纳起来，主要有以下几种：

天然活性肽的分离提取：存在于细菌、真菌、动植物等生物体内的激素、酶抑制等天然活性肽，经分离提取而得。
食品蛋白质水解制取活性肽：一般采用酸水解，工艺简单、成本低，但因氨基酸受损严重，水解难控制而较少应用。

化学合成活性肽：采用液相或固相化学合成法可制取任意需要的活性肽，但因成本高、副反应物及残留化合物多等因素而制约其发展。

基因重组法制取活性肽：采用DNA重组技术制取活性肽的试验研究尚在进行中。

酶法生产活性酞：产品安全性极高，生产条件温和，可定位生产特定的酞，成本低，已成为活性肽最主要的生产方法。

酶法生产活性肽工艺一般流程为：选择原料蛋白→预处理→酶解→分离→精制→成品

原料选择原则：根据所需生产的活性肽的氨基酸组成或结构特点来选择相应原料；选用廉价农副产品、食用工业废水及废物。开展综合利用，变废为宝，减少环境污染，降低生产成本。

酶的选择主要是对酶按原料蛋白组成与酶的专一性进行筛选，也可根据活性肽的结构，应用酶工程生产高活性特定酶。由于单一酶系往往转化效果不佳，采用符合酶系降解作用较好。

酶法生产活性肽的下游技术主要包括分离、精制和分析检验。由于目标活性肽在生产反应体系中含量甚微，传统分离技术往往无能为力，必须采用吸附分离、色谱分离、超滤、膜分离、反渗透等现代分离技术和脱色、脱臭、脱苦等提纯精制技术。尤其是苦味直接影响食品的风味和口感，往往决定了活性肽的应用前景。因此脱苦技术研究日盛。研究发现，蛋白质酶解液中的苦味主要来自苦味肽——由某些疏水基因及疏水性氨基酸构成的苦味物质，要脱苦则必须使这些碱性氨基酸从苦味肽上解放出来。应用微生物直接脱苦、效果好，很有发展前景。如端肽酶能从线性肽链的末端移去若干个氨基酸分子，例如羧肽酶从C-端、氨基酸从N端作用，使苦味肽的苦味减轻；对于完整的环形结构的蛋白质大分子，端肽酶无法发挥作用，必须先用内切酶切断肽链，再用端肽酶脱苦。通常是将内切酶与端肽酶联合使用。以水解疏水性氨基酸残基及脯氨酸构成肽链的端肽酶脱苦作用最有效。由于肽酶价格昂贵，限制了其在食品工业上的应用。乳酸菌、酿酒酵母等微生物的内源酶中存在着广泛的肽酶谱系，同样具有较好的脱苦作用，且价格低廉、来源广泛，很有发展前景。

活性炭吸附脱苦简单易行，十分有效，也是常用方法之一。活性肽的分析检测常用方法有毛细管电泳法（CE）、聚丙烯酰氨凝胶电泳法（SDS-PAGE）、凝胶过滤法、荧光分析法、质谱分析法、红外分光分析法、液相色谱分析法、（HPLC）等，其中液相色谱分析应用最广。只有完善了下游技术，并建立起灵敏的肽活性指标检测体系，才能畅通肽生产的全流程，形成活性肽工业化生产体系。

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